Это всетаки текстуринг.
Волны на воде делаються анимированной картой нормалей.
Параметры воды (прозрачность, цвет, сила преломления, скорость анимации волн и т.д.) задаються в vmt-файлах воды(для каждой воды их несколько - для над водной поверхности, для подводной поверхности и файлы-fallback для старых видюх).
Сходи на
http://developer.valvesoftware.com/wiki/Water_Shader там расписаны параметры vmt воды. Извлеки из gfc-файлов хл2 файлы воды - будет наглядный пример, в котором вышеуказанный линк поможет разобраться.
Поменять волны на воде задача технически сложная, т.к. анимированная карта нормалей делаеться не в 2D, а в 3D-редакторах путем анимации поверхности сетки, с которой покадрово снимают карты нормалей - причем как сделать бесшовную (затайтленную) анимацию сетки я вообще не представляю. Возможно удобнее будет делать такое в Z-brush (недавно как раз смотрел тутор по изготовлению бесшовных карт нормалей в нем), но ничего более не знаю.
К стати вся вода в хл2 сделана на основе одной анимированной карты нормалей.